BD = ../../run
SD = ../../src

runit:
	cp $(BD)/sam run
	cp data/* run
	echo 'source("$(SD)/defaultconf.R"); gen.conf("data/sam.dat")' | R --slave
	mv conf/* run
	cd run; ./sam -noinit -nr 2
	cp -r run _run
	rm -f run/*
	cp _run/sam.std run/sam.std
	cp _run/sam.par run/sam.par
	cp _run/sam.cor run/sam.cor
	cp _run/program.log run/program.log
	rm -rf _run
